Как правильно получить все комбинации чисел в Python

Потому что для вашей задачи вам нужно брать не combinations_with_replacement, а product:

import itertoolsfor i in itertools.product('0123456789', repeat=4):    print(''.join(i))

Комбинации в комбинаторике не учитывают порядка элементов. Поэтому набор тех же элементов будет считаться одной и той же комбинацией, даже если элементы в другом порядке. Ваш код один раз уже напечатал комбинацию из трёх нулей и одной единицы (0001), поэтому он не будет уже печатать другие варианты этой комбинации - 0010, 0100 и 1000. Аналогично и с другими числами.